A origem da freguesia da Ajuda remonta ao séc XVI; o 1º livro de assentos de Baptismos da freguesia começa a 5 de Janeiro de 1592, afirmando o cura que se encontrava no 5º ano do seu exercício.
“A freguesia terá nessa data 3.910 fogos e 14.460 almas”.
A freguesia da Ajuda com sede na Ermida da Ajuda abrangia então as terras reguengas compreendidas entre as ribeiras de Alcântara e de Algés que ao longo dos anos se foi desmembrando.
Em 1780 foi constituída a freguesia de S. Pedro, em Alcântara, transferida de Alfama.
Em 1883 foi criada a freguesia de Belém.
Em 1959 foi criada a freguesia de S. Francisco de Xavier.
A origem da Ermida é-nos contada nos Anais das Bibliotecas, Museus e Arquivo Histórico-Municipais da seguinte forma:
“dois garotos costumavam vir por estes lados de guarda a umas cabras … O sítio era ermo … a alturas tantas uma das cabras deu-lhe de se desviar do pastigo e … galgar a penedia.
Um dos catraios largou a carreira para ir agarrá-la e trazê-la para junto das demais mas demorou-se tanto que o outro entrou de estar em cuidado e não teve mais remédio que ir ver se o companheiro se teria aleijado …
Desceu o despenhadeiro de rastos e cheio de cautela e foi topar com uma grutinha natural, escavada na penedia de cuja existência ninguém tinha notícia.
Lá dentro com o rosto a espelhar maravilhosamente o espanto que lhe ia na alma, estava o companheiro com os olhos fixos em pequena e linda imagem que representava a virgem sentada em pequena cadeira tendo o Menino Jesus no regaço e dois anjos aos lados…
Ali se construiu uma ermidazinha em honra de Nossa Senhora… e o seu culto tomou grande incremento dando aso à afluência de peregrinos vindos da corte e de outros lugares trazer-lhe os seus óbulospagar-lhe promessa e fazer-lhe as suas orações”
Sendo a ermida muito pequena para acolher a multidão foi então construída uma Ermida maior que passou a ser a sede da freguesia de N.ª S.ª da Ajuda.